Управление школой осуществляется в соответствии с законом «об образовании в Российской Федерации» от 29.12.2012 г. № 273-ФЗ и Уставом МКОУ "Ахтынская СОШ№2" на принципах демократичности, открытости, единоначалия и самоуправления, приоритета общечеловеческих ценностей, охраны жизни и здоровья человека, свободного развития личности.